Стефан Петрушев ги завршил своите додипломски студии по историја на Факултетот за образовни науки при Универзитетот „Гоце Делчев“ во Штип. По завршувањето на додипломските студии на истиот факултет се стекнал со педагошко-психолошка и методска подготовка. Тој ги завршил магистерските студии на Институтот за национална историја, каде што се стекнал со титулата магистер по историски науки.