Nenad Novkovski është profesor me angazhim të plotë në Fakultetin e Shkencave të Natyrës dhe Matematikës dhe është administrator i studimeve pasuniversitare në Institutin e Fizikës. Ai është autor i punimeve shkencore, ka botuar artikuj në revista ndërkombëtare me faktor ndikimi dhe ka udhëhequr projekte studimore. Është anëtar i Shoqatës së Fizikanëve të Maqedonisë, Evropës dhe Amerikës dhe bashkëpunon me institutet e fizikës në Serbi, Bullgari dhe Zvicër. Në periudhën nga viti 1998 deri në vitin 2002 ishte ministër në Qeverinë e Republikës së Maqedonisë. Ai menaxhoi dhe mori pjesë në hartimin dhe miratimin e Strategjisë për Zhvillimin e Arsimit 2001-2010 dhe Programit për Zhvillim Teknologjik 2001-2006.